Je vais essayer ça très vite : il faut le faire avec le dessin traits noirs sur fond blanc ?

Je suis parti de ton dessin d'origine dans Inkscape. Il faut peut-être essayer différents seuils, un peu comme tu as fait dans Photoshop au moment du réglage luminosité/contraste.
Sous Inkscape non plus, ce n'est pas long. Les lignes bleues sont toutes les opérations à faire ...

Après, le coloriage, c'est sans doute plus long, surtout si tu as une bonne bibliothèque de "trucs et astuces" avec Photoshop, qui te permettent de gagner du temps tout de suite. Ceci dit, si tu fais des aplats de couleur entre les traits noirs, il y a un seau vectoriel dans Inkscape qui fera correctement le boulot ...

Je colorie avec le crayon, en plusieurs calques, un calque de base pour les plages de couleurs et différents calques pour les ombres...

Non non, au contraire, ça te permet de déborder un poil sans pb...c'est pour la mise en ordre qu'il faut faire attention, c'est tout.